Swyddogaeth amddiffyn grwpiau yw ynysu grwpiau swyddogaethol penodol yn ystod y broses synthesis, gan eu hamddiffyn rhag ymyrraeth, a dim ond tynnu'r grwpiau diogelu ar ôl cwblhau adweithiau penodol i adfer gweithgaredd y moleciwl targed. Mae'r broses o ddileu grwpiau amddiffynnol fel arfer yn gofyn am amodau ysgafn i osgoi niweidio'r moleciwl targed. Er enghraifft, y dull o dynnu ROH o alcoholau gwarchodedig fel arfer yw cynhyrchu etherau (ROR ') neu esterau (ROCOR'), ac yna eu hydroleiddio neu eu asideiddio o dan amodau priodol.
I grynhoi, mae rôl amddiffyn grwpiau mewn synthesis PNA yn hanfodol, gan ei fod yn sicrhau synthesis effeithlon o foleciwlau cymhleth, yn osgoi adweithiau nad ydynt yn darged, a gellir eu tynnu'n ddetholus pan fo angen i gael cynhyrchion PNA wedi'u puro.